消毒的目的是杀灭病原体。病猪的分泌物、排泄物和被病猪粪尿、血液及其分泌物污染的土壤、场地、圈舍、用具和饲养人员的衣服、鞋等都要进行彻底消毒。消毒的时候，应根据病原体的弱点，采用不同的消毒药物和消毒方法。

平时要建立定时消毒制度，猪舍和用具每年春秋各进行1次大清扫、大消毒。以后每月消毒1次。母猪分娩室在临产前要彻底消毒。“全进全出”的猪舍，每批猪出老后要彻底消毒，并空圈1周方可进猪。

发生传染病时。猪舍及用具应每周消毒1次，当传染病扑灭后及疫区(点)解除封锁前，必须进行终末消毒。消毒时，先将圈舍中的粪尿污物清扫干净，铲去表层土壤，再用消毒药液消毒。每平方米消毒药液的用货可根振地面及墙壁的结构而适当增减。

消毒药的种类繁多。目前市售消毒药的商品名更为复杂。有些消毒药的有效成分基本相同，而其商品名却有几个，因此选购消毒药时应了解其有效成分，尔后根据使用日的和对象选择所需药品。一般要选用广谱、高效、低毒、价廉、作用快、性质稳定、易溶于水和使用方便的消毒药，常用的消毒药中，属于酚类的有来苏儿、克辽林、菌毒敌、农福、灭瘟灵等。这类药物对细菌的杀灭作用较强。属于醛类的有福尔马林和多聚甲醛，多用于熏蒸消毒和猪舍消毒。属于碱类的有火碱、生石灰，多用于猪舍和食槽消毒，属于氧化剂的有过氧乙酸。具有高效、速效和广潜杀菌作用，可用于猪舍，饲槽及车辆消毒。属于卤素类的有漂白粉、氯胺(氯亚明)、优氯净、次氯酸钠、抗毒威、威岛牌消毒剂、百毒杀、爱迪伏等。对细菌、芽抱、病毒均有很强的杀灭作用，应用较广。属于表面活性剂的有新洁尔灭、洗必泰、消毒净、消毒宁，这类药对细菌有很强的杀灭作用，无刺激性，常用于器械、皮肤和粘膜的消毒。各种消毒药使用的浓度，因消毒对象、目的、使用方法和环境温度而异，可按药品说明书配制。